Когда-то Губрехт (Hubrecht, 1887) находил сходство в строении и родство между немертинами и хордовыми. Как ни странно, это необоснованное положение возрождается вновь Шторером и Юзингером (Storer a. Usinger, 1957), которые с серьезным видом говорят о сходстве между спинным и боковыми нервными стволами позвоночных и немертин, мозгом позвоночных и головными ганглиями немертин, влагалищем хобота немертин и нотохордом гемихордовых. Можно лишь пожалеть трату времени на такие сравнения.
Однако надо отметить особенности немертин, в целом чуждые Protostomia, а именно: отсутствие наружного, эктодермального, кутикулярного скелета, наличие соединительнотканного кутиса, который вместе с кожно-мускульным мешком составляет своего рода внутренний скелет, образование задней кишки за счет энтодермы, а не эктодермы, возникновение у ряда немертин на месте замкнувшегося бластопора анального отверстия, а также, гаструлы путем инвагинации на поздних многоклеточных (512—1024 бластомеров) стадиях дробления. Все эти черты свойственны не паренхиматозным и целомическим Protostomia, a Deuterostomia.
Учитывая все сказанное о немертинах, я склонен считать, как и другие зоологи, немертин самостоятельным типом червей, а не подтипом плоских, стоящим по своему строению и развитию и по положению в системе между типами плоских и кольчатых червей.